1980 yılından beri yapılan araştırma ve kazılar, tapınak temel tasarımı ve uygulaması ile ilgili birçok yeni bilgiye ulaşmamıza olanak vermiştir. Pullan’ın da daha önce saptadığı gibi, tapınak üç farklı malzemeden yapılmıştır: 1) Tüf (limestone) kabataş, 2) andezit bazalt - (ragstone) karataş ve 3) mermerdir. Temelde kullanılan volkanik tüf ve andezit bazalt Gülpınar Beldesi sınırları içinde bulunmaktadır. Pullan mermerin kalitesini anlatırken “İçinde seyrek olarak mavi damarları olan beyaz mermer iri tanelidir. Paros mermerinden daha gözenekli olan bu beyaz mermer, olasılıkla Marmara Denizi kıyısındaki Kyzikos kenti yanındaki ocaklardan getirilmiş olmalıdır ”der. Tapınak yumuşak bir zemin üzerine oturtulmuştur. Temeli oluşturan volkanik tüf kolay işlenmesi ve suya yakın zeminlere  uyum sağlaması ve batmaması nedeniyle kullanımda tercih sebebidir. Batı uzun kenarı ile doğu uzun kenarı arasındaki kot farkının  giderilmesi için, batı kenar birinci sıra tüf  bloklarının altında 40 - 50 cm. arasında değişen yüksekliklerde moloz taş ile tesviye yapılmıştır. Peristilin tüf temel oluşumu 4 ile 5 sıra arasında değişir. Sütun kaidelerinin oturduğu alanlarda 5 sıradan, basamakların oturduğu  tüm alanlarda ise 4 sıradan oluşmuştur. Cella temel duvarları (pronaos, opisthodomos), üst üste 6 sıradan oluşmuştur. 7.sıra olarak andezit bazalt taşlar gelmektedir. Ancak F.Gökçe’nin belirttiği gibi, her temel duvarında ortak bir sayısal bütünlük aranmamalıdır. Pullan da raporlarında sayısal olarak tüf blokların temel tasarımı için bir bütünlük arzeden yapılaşmadan söz etmez. Temel duvarlarının araları üstten tabana doğru 3 veya 4 sıra seviyesine kadar moloz taşlarla doldurulmuştur. Tüfün  mermer ile karşılaşacağı her alanda araya andezit bazalt taş konmuştur. Temel taşlarının birbirleri ile bağlanması şu biçimde yapılmıştır: Tüf temel taşlarının bağlanmasında gürgen veya meşe ağacından yapılmış kenetler (engeç), andezit ve mermer temel ve üst yapı elemanlarının bağlanmalarında  ise demir-kurşun kenetler kullanılmıştır.